在蛋白质组学研究中，N端测序对于解析蛋白质起始位置、翻译后修饰（PTMs）、信号肽剪切以及降解路径等生物学问题具有重要意义。然而，很多科研人员在实际实验中常常遇到这样一个令人头疼的现象：蛋白质N端怎么也测不出来！

本文将从机制出发，拆解两个最常见的技术瓶颈，并提供切实可行的解决方案，助力你提升N端检出率。如果你也在做蛋白修饰、蛋白降解或是抗体验证的相关项目，这篇文章值得收藏。

问题一：蛋白质N端被阻断，质谱无法识别

1、背后原因：翻译后修饰掩盖N端

在真核细胞中，蛋白质翻译完成后，N端常常会经历一系列翻译后修饰，例如：

（1）N端乙酰化（N-terminal acetylation）

（2）甲酰化（Formylation）

（3）信号肽或起始甲硫氨酸（Met）剪切

这些修饰会使N端的游离氨基失活，从而影响Edman降解或质谱对真实N端的识别，导致信号缺失或误判。

2、解决方案：靶向性N端富集技术

为了提高检测灵敏度，当前主流方案是采用专一性N端标记和富集策略，如：

（1）TAILS（Terminal Amine Isotopic Labeling of Substrates）

（2）COFRADIC（Combined Fractional Diagonal Chromatography）

（3）N-terminomics专用试剂盒或标签技术

这些方法通过封闭内部肽段的氨基，仅对真实N端进行选择性标记与富集，从而显著提升检测信号和准确性。在百泰派克生物科技，我们已建立成熟的TAILS + 高分辨质谱联合平台，适用于哺乳动物、酵母、植物等多种样本类型，帮助客户高效解析蛋白质N端结构和修饰状态。

问题二：蛋白酶切位点靠近N端，导致N端肽段缺失

1、背后原因：酶切策略设计不当

多数蛋白组学实验采用胰蛋白酶（Trypsin）进行蛋白酶解，但胰酶优先切割K/R位点，而蛋白质N端通常不具备理想的切割条件，容易造成：

（1）N端肽段过短（<6 aa），不被质谱识别

（2）或N端肽段中缺乏带电基团，电离效率低

这也是很多样本中N端信号“沉默”的根本原因之一。

2、解决方案：多酶联合切割策略

为提高N端检测效率，可采用：

（1）Lys-C、Asp-N、Glu-C 等特异性蛋白酶

（2）双酶或顺序酶解（如 Lys-C + Trypsin）

（3）调整酶解缓冲液pH，优化切割位点暴露

此外，搭配高灵敏的LC-MS/MS系统与高分辨质谱扫描参数优化，也能显著提升N端肽段的检测能力。百泰派克生物科技提供灵活的多酶酶解方案，并结合Orbitrap Exploris 480等先进平台进行N端靶向检测，为抗体药物表征、蛋白降解靶点筛选等提供强有力的数据支持。

总结：蛋白N端检测不全，是技术盲区也是优化突破口

随着蛋白质翻译后修饰研究和靶向降解药物开发的兴起，精准的N端识别将越来越重要。如果你正在规划相关项目，欢迎联系百泰派克生物科技，我们可为你定制最合适的N端序列研究方案，从前处理到数据解析全流程支持。百泰派克生物科技为广大客户提供蛋白N端序列分析服务。我们的“一站式”服务能为您节省时间和精力，帮助您更高效地开展相关研究。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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